Các khu định cư Eo biển được thành lập sau Hiệp định Anh-Hà Lan 1824, theo đó quần đảo Mã Lai bị phân chia thành một khu vực thuộc Anh tại phía bắc và một khu vực thuộc Hà Lan tại phía nam. Kết quả này dẫn đến Anh trao đổi Bencoolen với thuộc địa Malacca của Hà Lan, và quyền kiểm soát Singapore không bị tranh chấp. Các khu định cư có phần lớn dân cư là người Hoa, cùng một thiểu số người Âu song đóng vai trò quan trọng.[1] Thủ đô của Các khu định cư Eo biển được chuyển từ Penang đến Singapore vào năm 1832. Đặc điểm phân tán của các khu định cư khiến việc quản trị trở nên khó khăn, và sau khi Công ty Đông Ấn Anh mất độc quyền giao dịch đồ sứ vào năm 1833 thì việc quản trị trở nên tốn kém.[2]

Trong thời kỳ nằm dưới quyền kiểm soát của Công ty Đông Ấn Anh, Các khu định cư Eo biển được sử dụng để định cư các tù binh dân sự và quân sự người Ấn Độ,[3] khiến chúng có được hiệu là 'Botany Bays of India'.[4] Trong hai năm 1852 và 1853, diễn ra các cuộc nổi dậy nhỏ của phạm nhân tại Singapore và Penang.[5] Bất mãn với sự quản trị của Công ty Đông Ấn Anh, năm 1857 dân cư người Âu tại Các khu định cư Eo biển gửi một đơn kiến nghị đến Quốc hội Anh[6] yêu cầu được quản lý trực tiếp; song ý tưởng không thành do Khởi nghĩa Ấn Độ 1857.

Khi một "Đạo luật bịt miệng" được áp đặt nhằm ngăn ngừa khởi nghĩa tại Ấn Độ lan rộng, báo chí Các khu định cư Eo biển phản ứng giận dữ, xem đây là một điều phá vỡ mọi nguyên tắc tự do và thảo luận tự do.[7] Do có ít hoặc không có tuyền thông bản ngữ trong Các khu định cư Eo biển, một hành động như vậy dường như không thích hợp: nó hiếm khi được thi hành và kết thúc trong chưa đầy một năm.[8]

Ngày 1 tháng 4 năm 1867, Các khu định cư Eo biển trở thành một thuộc địa vương thất của Anh, nằm dưới quyền quản lý trực tiếp từ Bộ Thuộc địa tại Luân Đôn thay vì chính phủ Ấn Độ thuộc Anh đặt tại Calcutta. Trước đó, vào ngày 4 tháng 2 năm 1867, Letters Patent trao cho Các khu định cư Eo biển một bản hiến pháp thuộc địa. Hiến pháp này phân bổ nhiều quyền lực hơn cho thống đốc của Các khu định cư Eo biển, nhân vật này quản lý thuộc địa với sự hỗ trợ của một hội đồng hành pháp, bao gồm toàn bộ các thành viên quan chức, và một hội đồng lập pháp gồm các quan chức và các thành viên được chỉ định, trong đó các quan chức có một đa số thường trực hẹp. Công việc quản trị tại cả thuộc địa và các quốc gia Mã Lai liên bang được tiến hành theo các phương thức phục vụ dân sự, các thành viên được tuyển thông qua các kỳ thi cạnh tranh được tổ chức thường niên tại Luân Đôn.

Penang và Malacca được quản lý trực tiếp dưới quyền thống đốc thông qua ủy viên dân cư.

Dindings gồm một số đảo nằm tại cửa sông Perak và một phần nhỏ lãnh thổ liền kề trên đại lục, chúng được Perak nhượng cho chính phủ Anh theo Hiệp định Pangkor 1874. Người ta hy vọng rằng cảng tự nhiên vượt trội của nó sẽ thể hiện giá trị, song không thành hiện thực, khu vực có dân cư thưa thớt và hoàn toàn không quan trọng rồi được trả cho chính phủ Perak quản lý sau Chiến tranh thế giới thứ nhất.

Quần đảo Cocos và đảo Christmas trước đây được giao cho Ceylon, song đến năm 1886 thì được chuyển giao cho chính phủ Các khu định cư Eo biển tại Singapore. Năm 1906, Labuan được giao cho Các khu định cư Eo biển.

Thống đốc của Các khu định cư Eo biển cũng là Cao ủy của Các quốc gia Mã Lai liên bang, của Bắc Borneo, của vương quốc Brunei và Sarawak. Từ khi chính phủ Anh khôi phục quyền quản trị thuộc địa Labuan, ông cũng đóng vai trò là thống đốc của Labuan. Các công sứ người Anh kiểm soát các quốc gia Perak, Selangor, Negeri Sembilan và Pahang, song đến ngày 1 tháng 7 năm 1896, khi liên bang của các quốc gia này có hiệu lực, một tổng công sứ chịu trách nhiệm trước cao ủy được bổ nhiệm trách nhiệm tối cao đối với các lãnh thổ bảo hộ của Anh tại bán đảo.

Trong Chiến tranh thế giới thứ hai, Đế quốc Nhật Bản xâm chiếm Malaya và Các khu định cư Eo biển khi đổ bộ tại Kelantan vào ngày 8 tháng 12 năm 1941, và đến ngày 16 tháng 12 thì Penang trở thành khu định cư Eo biển đầu tiên thất thủ trước người Nhật. Malacca thất thủ vào ngày 15 tháng 1 và Singapore thất thủ vào ngày 15 tháng 2 sau trận Singapore. Các khu định cư Eo biển cùng với Malaya nằm dưới sự chiếm đóng của Nhật Bản cho đến khi đại chiến kết thúc vào tháng 8 năm 1945.

Sau đại chiến, thuộc địa bị giải tán với hiệu lực từ 1 tháng 4 năm 1946, Singapore trở thành một thuộc địa vương thất riêng biệt, trong khi Penang và Malacca gia nhập Liên hiệp Malaya. Labuan trong một thời gian ngắn được hợp nhất vào Singapore, trước khi được chuyển cho thuộc địa mới Bắc Borneo thuộc Anh. Quần đảo Cocos và đảo Christmas nguyên là bộ phận của Thuộc địa vương thất Singapore vào năm 1946, song sau đó được chuyển giao cho Úc quản trị.